Yasuoka Laboratory

【３年生の皆様へ】

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シミュレーション高速化技法の開発と応用

　　分子シミュレーションは原理的には自然界に起こる様々な現象を扱えますが，膨大な計算量を必要とするため限られた現象にしか適用されていません．本研究室では分子シミュレーションを2,3桁以上の規模で高速化する技法を開発し，タンパク質や相変化のシミュレーションに使用しています．これらの成果は過去に2度，ハイ・パフォーマンス・コンピューティング業界の金メダルといわれる米電気電子学会（IEEE）ゴードン・ベル賞を受賞しています．

2000年度ゴードン・ベル賞
2009年度ゴードン・ベル賞
2000年度 ゴードン・ベル賞
2009年度 ゴードン・ベル賞

（１）専用計算機の設計と実用化
　特定の計算に対しASICなどの専用の集積回路を開発すると，汎用的なチップより数百，数千倍以上高速な計算が可能となります．本研究室は過去に分子動力学シミュレーション用の専用計算機MDGRAPE-2の開発に携わり，成果をあげてきました．現在は，その後継機種であるMDGRAPE-3を導入し，多数の成果を上げています．このMDGRAPEシリーズは過去に2 度ゴードン・ベル賞を受賞しています．

MDGRAPE-2（4 chip版）
MDGRAPE-3
MDGRAPE-2（4 chip版）
MDGRAPE-3（2 chip版）

（２）超並列計算システムの開発と実用化
　近年の半導体製造プロセスの微細化はチップの性能を飛躍的に向上させましたが，一方でチップの設計に掛かるコストの高騰を招き，現在事実上限られた企業でしか製造することができなくなっています．しかし，汎用チップの高度化により，専用チップでは不可能なぐらい高度に集積された汎用チップが安価に購入することができるようになり，時には専用計算機よりも高い性能を汎用的な計算機で得ることができます．
　本研究室では，PLAYSTATION3に搭載されたCellチップやパソコンのグラフィック描画用の部品であるグラフィックカード（GPU）を分子動力学シミュレーションの高速化に使用するための研究を行っています．本研究室ではこれらを用いた科学技術計算分野において初期の頃から携わり，現在ではチップ製造メーカの講演会や講習会において数多くの講演を行っています．また，グラフィックカードを多数導入したシステムにおいて実行した粒子多体シミュレーションの結果は，2009年度のゴードン・ベル賞を受賞しています．
- 科学技術振興機構による発表
- 米電気電子学会（IEEE）ホームページ

96 GPUを搭載した自作クラスタ（京大との共同）
PlayStation3クラスタ
96 GPUを搭載した自作クラスタ（京大との共同）
PlayStation3クラスタ

　シミュレーションのパフォーマンスは，計算機と計算アルゴリズムの相性によって決定します．本研究室では上に挙げた計算機システムの構築と同時に，分子シミュレーションの計算アルゴリズムの開発・改良および検証を行っています．
研究対象のアルゴリズムの一例 IPS法

CUDA関連コンテンツ
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関連論文(ハードウェアに関するもの)

  • Narumi, T., Hamada, T., Nitadori, K., Sakamaki, R., and Yasuoka, K., "Fast quasi double-precision method with single-precision hardware to accelerate scientific applications", Int. J. Comput. Meth., 8, 561(2011). DOI : 10.1142/S0219876211002708
  • Susukita, R., Ebisuzaki, T., Elmegreen, B.G., Furusawa, H., Kato, K., Kawai, A., Kobayashi, Y., Koishi, T., McNiven, G.D., Narumi, T., Yasuoka, K., "Hardware accelerator for molecular dynamics: MDGRAPE-2", Computer Physics Communications, 155, 115-131(2003). DOI : 10.1016/S0010-4655(03)00349-7

関連論文(ソフトウェアに関するもの)

  • Takahashi, K., Narumi, T., and Yasuoka, K., "Cutoff radius effect of the isotropic periodic sum method for polar molecules in a bulk water system", Molec. Simul., 38, 397(2012). DOI : 10.1080/08927022.2010.547857
  • Takahashi, K. Z., Narumi, T., and Yasuoka, K., "A combination of the tree-code and IPS method to simulate large scale systems by molecular dynamics", J. Chem. Phys., 135, 174108(2011). DOI : 10.1063/1.3658640
  • Takahashi, K. Z., Narumi, T., and Yasuoka, K., "Cutoff radius effect of the isotropic periodic sum and Wolf method in liquid-vapor interfaces of water", J. Chem. Phys., 134, 174112(2011). DOI : 10.1063/1.3578473
  • Narumi, T., Yasuoka, K., Taiji, M., Zerbetto, F., and Hoefinger, S., "Fast Calculation of Electrostatic Potentials on the GPU or the ASIC MD-GRAPE-3", Comput. J., 54, 1181(2011). DOI : 10.1093/comjnl/bxq079
  • Myung, H., J., Sakamaki, R., Oh, K., J., Narumi, T., Yasuoka, K., and Lee, S., "Accelerating molecular dynamics simulation using graphics processing unit", Bull. Korean Chem. Soc., 31, 3639(2010). DOI : 10.5012/bkcs.2010.31.12.3639
  • Takahashi, K., Narumi, T., and Yasuoka, K., "Cutoff radius effect of isotropic periodic sum method in homogeneous system. II . Water", J. Chem. Phys., 133, 014109(2010). DOI : 10.1063/1.3462241
  • Yokota, R., Narumi, T., Sakamaki, R., Kameoka, S., Obi, S., and Yasuoka, K., "Fast Multipole Methods on a Cluster of GPUs for the Meshless Simulation of Turbulence Computer Physics Communications", Comput. Phys. Commun., 180, 2066(2009). DOI : 10.1016/j.cpc.2009.06.009
  • Takahashi, K., Yasuoka, K. and Narumi, T., "Cutoff radius effect of isotropic periodic sum method for transport coefficients of Lennard-Jones liquid", J. Chem. Phys., 127, 114511(2007). DOI : 10.1063/1.2775929
  • Kholmurodov, K., Smith, W., Yasuoka, K., Ebisuzaki, T., "A Highly Vectorised 'Link-Cell' Fortran Code for the DL_POLY Molecular Dynamics Simulation Package", Computer Physics Communications, 125, 167-192(2000). DOI : 10.1016/S0010-4655(99)00485-3
  • Kholmurodov, K., Smith, W., Yasuoka, K., Darden, T., Ebisuzaki, T., "A smooth-particle mesh ewald method for DL_POLY molecular dynamics simulation package on the Fujitsu VPP700", Journal of Computational Chemistry, 21, 1187-1191(2000). DOI : 10.1002/1096-987X(200010)21:13<1187::AID-JCC7>3.0.CO;2-7

関連論文(専用計算機を使った計算結果)

  • Narumi, T., Yasuoka, K., Taiji, M., and Höfinger, S., "Current Performance Gains from Utilizing the GPU or the ASIC MDGRAPE-3 within an Enhanced Poisson Boltzmann Approach", J. Comput Chem., 30, 2351(2009). DOI : 10.1002/jcc.21257
  • Matsubara, H., Ebisuzaki, T., and Yasuoka, K., "Microscopic insights into nucleation in a sulfuric acid-water vapor mixture based on molecular dynamics simulation", J. Chem. Phys., 130, 104705(2009). DOI : 10.1063/1.3082079
  • Mima, T., Narumi, T., Kameoka, S., Yasuoka, K., "Cell size dependence of orientational order of uniaxial liquid", Molecular Simulation, 34, 761-773(2008). DOI : 10.1080/08927020802256058
  • Narumi, T., Kameoka, S., Taiji, M., and Yasuoka, K., "Accelerating Molecular Dynamics Simulations on PLAYSTATION 3 Platform using “Virtual-Grape”Programming Model", SIAM Journal on Scientific Computing, 30, 3108-3125(2008). DOI : 10.1137/070692054
  • Sonoda, H., Watanabe, G., Sato, K., Yasuoka, K., and Ebisuzaki, T., "Phase diagram of nuclear “pasta” and its uncertainties in supernova cores", Phys. Rev. C, 77, 035806(2008). DOI : 10.1103/PhysRevC.77.035806
  • Sheel, T. K., Yokota, R., Yasuoka, K., Obi, S., "The study of colliding vortex rings using a special-purpose computer and FMM", Transactions of the Japan Society for Computational Engineering and Science, 2008, 20080003(2008). DOI : 10.11421/jsces.2008.20080003
  • 松原裕樹, 泰岡顕治, 戎崎俊一, "少量の硫酸分子を含む不均質核生成の分子動力学シミュレーション", Thermal Science and Engineering, 16, 71-77(2008). DOI : 10.11368/tse.16.71
  • Matsubara, H., Koishi, T., Ebisuzaki, T. and Yasuoka, K., "Extended study of molecular dynamics simulation of homogeneous vapor-liquid nucleation of water", J. Chem. Phys., 127, 214507(2007). DOI : 10.1063/1.2803899
  • Andoh, Y., Kurahashi, K., Sakuma, H., Yasuoka, K. and Kurihara, K., "Anisotropic molecular clustering in liquid ethanol induced by a charged fully hydroxylated silicon dioxide (SiO2) surface", Chem. Phys. Lett., 448, 253-257(2007). DOI : 10.1016/j.cplett.2007.10.008
  • Sonoda,H., Watanabe, G., Sato, K., Takiwaki, T., Yasuoka, K., Ebisuzaki T., "Impact of nuclear “pasta” on neutrino transport in collapsing stellar cores", Phys. Rev. C, 75, 042801(R)(2007). DOI : 10.1103/PhysRevC.75.042801
  • Miyoshi, T., Imai, M., Ohmura, R., Yasuoka, K., "Thermodynamic stability of type-I and II clathrate hydrates depending on the chemical species of the guest substances", J. Chem. Phys., 126, 234506(2007). DOI : 10.1063/1.2746324
  • Sheel, T.K., Yasuoka, K., Obi, S., "Fast Vortex method calculation using a special-purpose computer", Computers and Fluids, 36, 1319-1326(2007). DOI : 10.1016/j.compfluid.2007.01.006
  • Miyoshi, T., Ohmura, R., Yasuoka, K., "Predicting thermodynamic stability of clathrate hydrates based on molecular-dynamics simulations and its confirmation by phase-equilibrium measurements", J. Phys. Chem. C, 111, 3799(2007). DOI : 10.1021/jp068244e
  • Andoh, Y., Yasuoka, K., "Molecular understanding of dynamical properties of the vapor/ethanol-aqueous-solution interface", Molecular Simulation, 33, 139(2007). DOI : 10.1080/08927020601075337
  • Miyoshi, T., Ohmura, R., Yasuoka, K., "Molecular Dynamics Simulations of Structure-H Hydrates Formed with Methane and 3,3-Dimethylpentane or 2,2-Dimethylpentane", Molecular Simulation, 33, 65(2007). DOI : 10.1080/08927020601059885
  • Andoh, Y., Yasuoka, K., "Hydrogen-bonded clusters on the vapor/ethanol-aqueous-solution interface", Journal of Physical Chemistry B, 110, 23264(2006). DOI : 10.1021/jp061150k
  • Okano, Y., Yasuoka, K., "Free-energy calculation of structure-H hydrates", Journal of Chemical Physics, 124, 024510(2006). DOI : 10.1063/1.2150430
  • Watanabe, G., Maruyama, T., Sato, K., Yasuoka, K., Ebisuzaki, T., "Simulation of transitions between "pasta" phases in dense matter", Physical Review Letters, 94, 031101(2005). DOI : 10.1103/PhysRevLett.94.031101
  • Andoh, Y., Yasuoka, K., "Two-dimensional supercritical behavior of an ethanol monolayer: A molecular dynamics study", Langmuir, 21, 10885-10894(2005). DOI : 10.1021/la051384f
  • Koishi, T., Yasuoka, K., Ebisuzaki, T., Yoo, S., Zeng, X.C., "Large-scale molecular-dynamics simulation of nanoscale hydrophobic interaction and nanobubble formation", Journal of Chemical Physics, 123, 204707(2005). DOI : 10.1063/1.2102906
  • Suenaga, A., Kiyatkin, A.B., Hatakeyama, M., Futatsugi, N., Okimoto, N., Hirano, Y., Narumi, T., Kawai, A., Susukita, R., Koishi, T., Furusawa, H., Yasuoka, K., Takada, N., Ohno, Y., Taiji, M., Ebisuzaki, T., Hoek, J.B., Konagaya, A., Kholodenko, B.N., "Tyr-317 phosphorylation increases shc structural rigidity and reduces coupling of domain motions remote from the phosphorylation site as revealed by molecular dynamics simulations", Journal of Biological Chemistry, 279, 4657-4662(2004). DOI : 10.1074/jbc.M310598200
  • Elmegreen, B.G., Koch, R.H., Schabes, M.E., Crawford, T., Ebisuzaki, T., Furusawa, H., Narumi, T., Susukita, R., Yasuoka, K., "Simulations of magnetic materials with MDGRAPE-2", IBM Journal of Research and Development, 48, 199-207(2004). DOI : 10.1147/rd.482.0199
  • Watanabe, G., Sato, K., Yasuoka, K., Ebisuzaki, T., "Phases of hot nuclear matter at subnuclear densities", Physical Review C, 69, 055805(2004). DOI : 10.1103/PhysRevC.69.055805
  • Koishi, T., Yoo, S., Yasuoka, K., Zeng, X.C., Narumi, T., Susukita, R., Kawai, A., Furusawa, H., Suenaga, A., Okimoto, N., Futatsugi, N., Ebisuzaki, T., "Nanoscale hydrophobic interaction and nanobubble nucleation", Physical Review Letters, 93, 185701(2004). DOI : 10.1103/PhysRevLett.93.185701
  • Watanabe, G., Sato, K., Yasuoka, K., Ebisuzaki, T., "Microscopic study of nuclear "pasta": Quantum molecular dynamics approach", Nuclear Physics A, 718, 700C-702C(2003). DOI : 10.1016/S0375-9474(03)00893-5
  • Fujii, Y., Okimoto, N., Hata, M., Narumi, T., Yasuoka, K., Susukita, R., Suenaga, A., Futatsugi, N., Koishi, T., Furusawa, H., Kawai, A., Ebisuzaki, T., Neya, S., Hoshino, T., "Molecular dynamics study on class A beta-lactamase: Hydrogen bond network among the functional groups of penicillin G and side chains of the conserved residues in the active site", Journal of Physical Chemistry B, 107, 10274-10283(2003). DOI : 10.1021/jp034536t
  • Okimoto, N., Yamanaka, K., Suenaga, A., Hirano, Y., Futatsugi, N., Narumi, T., Yasuoka, K., Susukita, R., Koishi, T., Furusawa, H., Kawai, A., Hata, M., Hoshino, T., Ebisuzaki, T., "Molecular Dynamics Simulations of Prion Proteins - Effect of Ala117->Val mutation -", Chem-Bio Informatics Journal, 3, 1-11(2003). DOI : 10.1273/cbij.3.1
  • Koishi, T., Yasuoka, K., Ebisuzaki, T., "Large scale molecular dynamics simulation of nucleation in supercooled NaCl", Journal of Chemical Physics, 119, 11298-11305(2003). DOI : 10.1063/1.1622371
  • Watanabe, G., Sato, K., Yasuoka, K., Ebisuzaki,T., "Structure of cold nuclear matter at subnuclear densities by quantum molecular dynamics", Physical Review C, 68, 035806(2003). DOI : 10.1103/PhysRevC.68.035806
  • Watanabe, G., Sato, K., Yasuoka, K., Ebisuzaki, T., "Microscopic study of slablike and rodlike nuclei: Quantum molecular dynamics approach", Physical Review C, 66, 012801(2002). DOI : 10.1103/PhysRevC.66.012801
  • Elmegreen, B.G., Koch, R., Yasuoka, K., Furusawa, H., Narumi, T., Susukita, R., Ebisuzaki, T., "Numerical simulations of magnetic materials with MD-GRAPE: curvature induced anisotropy", Journal of Magnetism and Magnetic Materials, 250, 39-48(2002). DOI : 10.1016/S0304-8853(02)00344-X
  • Koishi, T., Yasuoka, K., Narumi, T., Susukita, R., Furusawa, H., Ebisuzaki, T., "Molecular dynamics study of the solidification process in alkali halide cluster", Journal of Non-Crystalline Solids, 312, 332-336(2002). DOI : 10.1016/S0022-3093(02)01710-6
  • Watanabe, G., Sato, K., Yasuoka, K., Ebisuzaki. T., "Microscopic study of nuclear "pasta" by quantum molecular dynamics", Progress of Theoretical Physics Supplement, 146, 638-639(2002). DOI : 10.1143/PTPS.146.638

関連発表（国際学会）

  • Takuma Nozawa, Kazuaki Takahashi, Tetsu Narumi, and Kenji Yasuoka, "Molecular dynamics of 5CB with GPU accelerated Coulombic calculation", 1st International Symposium on Computational Materials and Biological Sciences, Tokyo, Japan, Sep., 2013.
  • Ryuji Sakamaki, Rio Yokota, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Accelerating Classical Molecular Simulations on a GPU cluster", The 2nd international symposium on "Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials" (MSBSM2011), Kyoto, Japan, Sep., 2011.
  • Iori Yonekawa, Kenji Yasuoka, Yuichi Masubuchi, "Multiscale simulation of entangled polymer melts", The 2nd international symposium on "Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials" (MSBSM2011), Kyoto, Japan, Sep., 2011.
  • Kazuaki Takahashi, Ryuji Sakamaki., Rio Yokota, Lorena A. Barba, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "A combination of the Tree code and IPS method to simulate large scale systems by molecular dynamics", International Conference on Computational Science (ICCS2011), Singapore, Singapore, Jun., 2011.
  • Kazuaki Takahashi, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Cutoff Radius Effect of Water Configuration Using the Wolf Method", 8th ASME/JSME Thermal Engineering Joint Conference, Hawaii, USA, Mar., 2011.
  • Ryuji Sakamaki, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Accelerating Molecular Dynamics Simulation on GPGPU", 9th World Congress on Computational Mechanics and 4th Asian Pacific Congress on Computational Mechanics, Sydney, Australia, Jul., 2010.
  • Ryuji Sakamaki, Ryo Ohmura, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka Kenji, "Accelerating molecular simulations to investigate the properties of clathrate hydrate by using Graphic Processing Units", Telluride Workshop on the Microscopic Description of Gas Clathrate, Telluride, USA, Jul., 2010.
  • Rio Yokota, Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Kenji Yasuoka, Shinnosuke Obi, "Fast Multipole Methods on GPUs for the Meshfree Simulation of Turbulence", 10th US National Congress on Computational Mechanics, Ohio, USA, Jul., 2009.
  • Rio Yokota, Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Kenji Yasuoka, Shinnosuke Obi, "DNS of Homogeneous Turbulence Using Vortex Methods Accelerated by the FMM on a Cluster of GPUs", Parallel Computational Fluid Dynamics (ParCFD) 2009, California, USA, Mar., 2009.
  • Shun Kameoka, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Client-Server Architecture for Accelerating Molecular Dynamics Simulations with a PLAYSTATION 3 Cluster", HPC Asia 2009, Kaohsiung, Taiwan, Mar., 2009.
  • Tetsu Narumi, Tsuyoshi Hamada, Keigo Nitadori, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Kenji Yasuoka, "High-PerfoOCrmance Quasi Double-Precision Method using Single-Precision Hardware for Molecular Dynamics Simulations with GPUs", HPC Asia 2009, Kaohsiung, Taiwan, Mar., 2009.
  • Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Kenji Yasuoka, "Overheads in Accelerating Molecular Dynamics Simulations with GPUs", 9th International Conference on Parallel and Distributed Computing, Dunedin, New Zealand, Dec., 2008.
  • Testu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Kenji Yasuoka, "Using Special-Purpose and Video-Game Computers for Accelerating Molecular Dynamics Simulations", Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences [MSSMBS2008], Dubna, Russia, Sep., 2008.
  • Ryuji Sakamaki, Tetsu Narumi and Kenji Yasuoka, "Large Scale Molecular Dynamics Simulation using Graphic Processing Unit", International Symposium on Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials (MSBSM2008), Tokyo, Japan, Jun., 2008.
  • Shun Kameoka, Ryuji Sakamaki, Toshiki Mima, Tetsu Narumi, and Kenji Yasuoka, "Acceleration of molecular dynamics simulation of liquid crystals", International Symposium on Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials (MSBSM2008), Tokyo, Japan, Jun., 2008.
  • Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Rio Yokota, Shinnosuke Obi, and Kenji Yasuoka, "Using Special-Purpose and Video-Game Computers for Accelerating Particle Based Simulations", International Symposium on Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials (MSBSM2008), Tokyo, Japan, Jun., 2008.
  • Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Kakoto Taiji, and Kenji Yasuoka, "Special-Purpose Computers and Video-GameConsoles as a High Performance Computing Platform for Molecular Dynamics Simulation", The 9th High Performance Computing International Conference & Exhibition, Seoul, Korea, Sep., 2007.
  • Tetsu Narumi, Toshikazu Ebisuzaki, Makoto Taiji, and Kenji Yasuoka, "Accelerating Molecular Dynamics Simulations by Special-Purpose Computers and Game Consoles", CALCON2007 (62nd Calorimetry Conference), Hawaii, USA, Aug., 2007.
  • Tetsu Narumi, Fumikazu Konishi, Ryo Umetsu, Makoto Taiji, Toshikazu Ebisuzaki Kenji Yasuoka, "Learning Computer Simulation with an MDGRAPE Accelerator Card", GHOU2007 (Global Hands-On Universe Conference), Tokyo, Japan, Jul., 2007.
  • Tarun Kumar Sheel, Kenji Yasuoka, and Shinnosuke Obi, "Acceleration of vortex methods calculation using a special-purpose computer and FMM", ICCM2007 (International Conference on Computational Methods 2007), Hiroshima, Japan, Apr., 2007.
  • Makoto Furuya, Yoshimichi Ando, Kenji Yasuoka, and Kazue Kurihara, "Variation for Microscopic Structure of Ethanol/Cyclohexane Binary Liquid With Mole Fraction and Molecular Description of Self-Diffusion Coefficient of Ethanol", International Workshop MSSMBS'06 "Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences", Dubna, Russia, Sep., 2006.
  • Tatsuya Miyoshi, Ryo Ohmura, and Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Simulations for Structure-H Hydrates of Hydrocarbons Large Molecular Guest Substances", 11th International Conference on the Physics and Chemistry of Ice, Bremerhaven, Germany, Jul., 2006.
  • Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka, and Toshikazu Ebisuzaki, "Asymmetrical shape growth of liquid-solid nucleation", 80th ACS Colloid and Surface Science Symposium, Boulder, Colorado, USA, Jun., 2006.
  • Hiroki Matsubara, Takahiro Koishi, Toshikazu Ebisuzaki, and Kenji Yasuoka, "Molecular dynamics study of homogeneous nucleation of water vapor", 80th ACS Colloid and Surface Science Symposium, Boulder, Colorado, USA, Jun., 2006.
  • Kenji Yasuoka and Mitsuhiro Matsumoto, "Molecular Dynamics Simulation of Bubble Formation for Water", 80th ACS Colloid and Surface Science Symposium, Boulder, Colorado, USA, Jun., 2006.
  • Yoshimichi Andoh, Kenji Kurahashi, Hiroshi Sakuma, Kenji Yasuoka, and Kazue Kurihara, "Molecular dynamics investigation of ethanol macrocluster on H-terminated SiO2 surface", 80th ACS Colloid and Surface Science Symposium, Boulder, Colorado, USA, Jun., 2006.
  • Tatsuya Miyoshi, Ryo Ohmura, and Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Simulation of Structure-H Hydrate Formed with Methane and Methylbutane", Symposium on Progress and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulation -In Memory of Professor Shuichi Nose-, Yokohama, Japan, Jun., 2006.
  • Hiroki Matsubara, Takahiro Koishi, Toshikazu Ebisuzaki, and Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Study of Homogeneous Nucleation of Water Vapor", Symposium on Progress and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulation -In Memory of Professor Shuichi Nose-, Yokohama, Japan, Jun., 2006.
  • Yoshimichi Andoh and Kenji Yasuoka, "Molecular Structure and Dynamics at the Vapor/Ethanol-Aqueous-Solution Interface", Symposium on Progress and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulation -In Memory of Professor Shuichi Nose-, Yokohama, Japan, Jun., 2006.
  • Yoshimichi Ando, Masatoshi Furuya, Kenji Yasuoka, and Kazue Kurihara, "Variation for Microscopic Structure of Ethanol/Cyclohexane Binary Liquid with Molar Fraction and Molecular Description of Diffusion Coefficient of Ethanol", Symposium on Progress and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulation -In Memory of Professor Shuichi Nose-, Yokohama, Japan, Jun., 2006.
  • Yoshimichi Andoh, Kenji Kurahashi, Hiroshi Sakuma, Kenji Yasuoka, and Kazue Kurihara, "Molecular Dynamics Simulation of Ethanol Macrocluster on H-terminated SiO2 Surface", Symposium on Progress and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulation -In Memory of Professor Shuichi Nose-, Yokohama, Japan, Jun., 2006.
  • Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka, and Toshikazu Ebisuzaki, "Molecular Dynamics Study of Shape Effect in Liquid-Solid Nucleation", Symposium on Progress and Future Prospects in Molecular Dynamics Simulation -In Memory of Professor Shuichi Nose-, Yokohama, Japan, Jun., 2006.
  • Hiroki Matsubara, Takahiro Koishi, and Toshikazu Ebisuzaki, Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Simulation of Heterogeneous Nucleation in the H2O/H2SO4 Vapor", International Symposium on Molecular Simulations -A symposium to mark the retirement of Professor Yasuaki Hiwatari-, Kanazawa, Japan, Mar., 2006.
  • Daisuke Murakami, Yoshimichi Andoh, and Kenji Yasuoka, Toshikazu Ebisuzaki, "Behavior of Water Molecules Adsorbed on Outer Membrane Protein", International Symposium on Molecular Simulations -A symposium to mark the retirement of Professor Yasuaki Hiwatari-, Kanazawa, Japan, Mar., 2006.
  • Yoshimichi Andoh, Shogo Enomoto, Kenji Yasuoka and Kazue Kurihara, "Microscopic Structural Transition in Ethanol/Cyclohexane Binary Liquid with Molar Fraction and its Influence on Macroscopic Properties", 8th US National Congress on Computational Mechanics (USNCCM), Austin, USA, Jul., 2005.
  • Yoshimichi Andoh and Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Study of Ethanol Monolayer: 2D Percolation Transition and its Influence on Macroscopic Properties", 6th Liquid Matter Conference, Utrecht, the Netherlands, Jul., 2005.
  • Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka, S. Yoo, X. C. Zeng, "Large Scale Molecular Dynamics Simulation of Nanobubble Formation by Nanoscale Hydrophobic Interaction", 6th Liquid Matter Conference, Utrecht, the Netherlands, Jul., 2005.
  • Yamato Okano and Kenji Yasuoka, "Free energy calculation of structure-H hydrate", Fifth International Conference on Gas Hydrates (ICGH 2005), Trondheim, Norway, Jun., 2005.
  • Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Simulations of Cluster and Bubble Nucleation with Special-Purposes Molecular Dynamics Machine", International Workshop MSSMBS'04 "Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences", Dubna, Russia, Sep., 2004.
  • Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka, Toshikazu Ebisuzaki, "Molecular Dynamics Simulation of Nucleation in NaCl and NaCl-KCl Mixture Systems", International Workshop MSSMBS'04 "Molecular Simulation Studies in Material and Biological Sciences", Dubna, Russia, Sep., 2004.
  • Yoshimichi Andoh and Kenji Yasuoka, "Dependency of Adsorption and Desorption Probabilities on Two-Dimensional States of Adsorbed Monolayerq", 14th International Conference on the Properties of Water and Steam (14th ICPWS), Kyoto, Japan, Aug., 2004.
  • Takeshi Aramaki, Noriaki Okimoto, Kenji Yasuoka, and Katsuyuki Kawamura, "Evaluation of the Potential Models for Water Molecule Contained in HIV-1 Protease", 14th International Conference on the Properties of Water and Steam (14th ICPWS), Kyoto, Japan, Aug., 2004.
  • Yamato Okano and Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Simulation of Decomposition Process for Structure-H Hydrate", 14th International Conference on the Properties of Water and Steam (14th ICPWS), Kyoto, Japan, Aug., 2004.
  • Kenji Yasuoka, Yamato Okano, Tomoyuki Kinjo, and Mitsuhiro Matsumoto, "Molecular Dynamics Simulation of Bubble Nucleation for Liquid Water", 14th International Conference on the Properties of Water and Steam (14th ICPWS), Kyoto, Japan, Aug., 2004.
  • Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka, and Tosikazu Ebisuzaki, "Molecular dynamics study of solid-liquid nucleation in alkali halide mixture", 16th International Conference on Nucleation and Atmospheric Aerosols (ICNAA16), Kyoto, Japan, Jul., 2004.
  • Takahiro Koishi, S. Yoo, Kenji Yasuoka., X. C. Zeng, Tetsu Narumi, Ryutaro Susukita, Atsushi Kawai, Hideaki Furusawa, Atsushi Suenaga, Noriaki Okimoto, Noriyuki Futatsugi and Toshikazu Ebisuzaki, "Nanobubble Formation and Hydrophobic Interaction in Between Patterned Nonpolar/Polar Nanoassemblies", 16th International Conference on Nucleation and Atmospheric Aerosols (ICNAA16), Kyoto, Japan, Jul., 2004.
  • Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka, and T. Ebisuzaki, "Study of Nucleation of Supercooled Alkali Halide Mixture by Molecular Dynamics Simulation", Joint Meeting: "International Conference on Molecular Simulation (ICMS)" and "Computational Science Workshop 2004 (CSW2004)", Tukuba, Japan, Jan., 2004.
  • Yusuke Kakinuma, Kenji Yasuoka, and Tamio Ikeshoji, "Molecular Dynamics Simulation of Clustering Process from Liquid Droplet with Adiabatic Expansion", Joint Meeting: "International Conference on Molecular Simulation (ICMS)" and "Computational Science Workshop 2004 (CSW2004)", Tsukuba, Japan, Jan., 2004.
  • Yoshimichi Andoh and Kenji Yasuoka, "Relation between the Gaseous-Liquid Phase Transition at the Air/Water Interface and Adsorption/Desorption Dynamics", Joint Meeting: "International Conference on Molecular Simulation (ICMS)" and "Computational Science Workshop 2004 (CSW2004)", Tsukuba, Japan, Jan., 2004.
  • Yamato Okano and Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Simulation of Dissociation Process for Methane Hydrate", Joint Meeting: "International Conference on Molecular Simulation (ICMS)" and "Computational Science Workshop 2004 (CSW2004)", Tsukuba, Japan, Jan., 2004.
  • Takeshi Aramaki, Noriaki Okimoto, Kenji Yasuoka, and Katsuhiko Kawamura, " Evaluation of the Potential Models for water molecule contained in HIV-1 Protease", Joint Meeting: "International Conference on Molecular Simulation (ICMS)" and "Computational Science Workshop 2004 (CSW2004)", Tsukuba, Japan, Jan., 2004.
  • Kenji Yasuoka, Yamato Okano, Tomoyuki Kinjo, and Mitsuhiroi Matsumoto, "Bubble Formation in Liquid Water", Joint Meeting: "International Conference on Molecular Simulation (ICMS)" and "Computational Science Workshop 2004 (CSW2004)", Tsukuba, Japan, Jan., 2004.
  • Kenji Yasuoka, "Molecular dynamics simulation for adsorption and desorption of ethanol molecule on water vapor-liquid interface", Annual Meeting of the International Association for the Properties of Water and Steam, Vejle, Denmark, Sep., 2003.
  • Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka and Toshikazu Ebisuzaki, "Large scale molecular dynamics simulation of nucleation in alkali halide mixture", 77th ACS Colloid and Surface Science Symposium, Atlanta, USA, Jun., 2003.
  • Kholmirzo Kholmurodov, Kenji Yasuoka and X. C. Zeng, "Molecular Dynamics Studies of the Confined Heterogeneous Nucleation on a Graphitic Carbon Surface. Supersaturated Water System in a Slit Nanopore", 77th ACS Colloid and Surface Science Symposium, Atlanta, USA, Jun., 2003.
  • Gentaro Watanabe, Katsuhiko Sato, Kenji Yasuoka, Toshikazu Ebisuzaki, "Microscopic Study of Nuclear "Pasta": Quantum Molecular Dynamics Approach", the XVI International Conference on Particles and Nuclei, Osaka, Japan, Sep., 2002.
  • Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka, X. C. Zeng, Tetsu Narumi, Ryutaro Susukita, Atsushi Kawai, Hideaki Furusawa, Toshikazu Ebisuzaki, "A large scale molecular dynamics simulation of water with hydrophobic wall system", 5th Liquid Matter Conference, Konstanz, Germany, Sep., 2002.
  • Gentaro Watanabe, Katsuhiko Sato, Kenji Yasuoka, Toshikazu Ebisuzaki, "Microscopic Study of Nuclear "Pasta": Quantum Molecular Dynamics Approach", the Seventh International Symposium on Nuclei in the Cosmos, Yamanashi, Japan, Jul., 2002.
  • Kei Miyazaki, Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Simulation of Formation Process for Methane Hydrate", Fourth International Conference on Gas Hydrates, Yokohama, Japan, May., 2002.
  • Gentaro Watanabe, Katsuhiko Sato, Kenji Yasuoka, Toshikazu Ebisuzaki, "Microscopic Study of Nuclear "Pasta" by Quantum Molecular Dynamics", the 5th RESCEU International Symposium: "New Trends in Theoretical and Observational Cosmology", Tokyo, Japan, Nov., 2001.
  • Kenji Yasuoka, "Molecular dynamics simulation of vapor-liquid nucleation", Annual Meeting of the International Association for the Properties of Water and Steam, Gaithersburg, Maryland, USA, Sep., 2001.
  • Gentaro Watanabe, Katsuhiko Sato, Kenji Yasuoka, Toshikazu Ebisuzaki, "Microscopic Study of Nuclear "Pasta" by Quantum Molecular Dynamics", First Joint Meeting of the Nuclear Physicists of the American Physical Society and the Physical Society of Japan, Hawaii, USA, Aug., 2001.
  • Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka, Tetsu Narumi, Ryutoro Susukita, Hideaki Furusawa, Toshikazu Ebisuzaki, "MD simulation of solid-liquid phase transition for NaCl-KCl mixture with a special purpose computer (MDM)", Conference on Computational Physics (CCP2000), Gold Coast, Queensland, Australia, Dec., 2000.
  • A. V. V. Tran, Takahiro Koishi, Koji Ohguchi, Kenji Yasuoka, Tetsu Narumi, Rutaro Susukita, Toshikazu Ebisuzaki, "Molecular dynamics simulation for water-AgI with a special purpose computer (MDM)", Conference on Computational Physics (CCP2000), Gold Coast, Queensland, Australia, Dec., 2000.
  • Tetsu Narumi, Ryutaro Susukita, Takahiro Koishi, Kenji Yasuoka, Hideaki Furusawa, Atsushi Kawai, and Toshikazu Ebisuzaki, "1.34 Tflops Molecular Dynamic simulation for NaCl with a Special Purpose Computer: MDM", SC2000: Winner of the Gordon Bell Prizes (Peak Performance Category), Dallas, U.S.A., Nov., 2000.
  • Koji Ohguchi, Kenji Yasuoka, and Mitsuhiro Matsumoto, "Molecular Simulation of Seed-Induced Nucleation in Vapor Phase", Proc. 15th International Conference on Nucleation and Atmospheric Aerosols, Rolla, USA, Aug., 2000.

関連発表（国内学会）

  • 野村昴太郎, 老川稔, 川井敦, 成見哲, 泰岡顕治, "GPU を用いたレプリカ交換分子動力学シミュレーションによる Lennard-Jones 流体の固液相転移点の推定", 第50回日本伝熱シンポジウム, 仙台, 日本, 2013年05月.
  • 横田理央，成見哲, Barba Lorena，泰岡顕治, "大規模GPUとFMMを用いた一様等方性乱流の解析", 第19回ハイパフォーマンスコンピューティングとアーキテクチャの評価に関する北海道ワークショップ (HOKKE19), 札幌, 日本, 2011年11月.
  • 坂牧隆司, 成見哲, 泰岡顕治, "CUDAを用いた分子間相互作用計算高速化ライブラリの評価および気液界面物性の計算", 第23回分子シミュレーション討論会, 愛知, 日本, 2009年11月.
  • 坂牧隆司, 成見哲, 泰岡顕治, "分子動力学シミュレーションにおけるParticle Mesh Ewald法のGPUへの実装と評価", 第22回計算力学講演会, 石川, 日本, 2009年10月.
  • 坂牧隆司, 成見哲, 泰岡顕治, "CUDAを用いた分子動力学シミュレーションの高速化", 平成21年第1回神戸シミュレーションスクール, 金沢, 日本, 2009年09月.
  • Ryuji Sakamaki, Ryo Ohmura, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Calculation of Thermodynamics Properties on Methane / Water Interface Using fast Molecular Dynamics Simulation", The 3rd Mini-Symposium on Liquids, 岡山, 日本, 2009年06月.
  • 成見哲, 坂牧隆司, 泰岡顕治, "分子動力学シミュレーションのGPUによる高速化", 第14回計算工学講演会, 東京, 日本, 2009年05月.
  • 坂牧隆司, 成見哲, 泰岡顕治, "グラフィックカードを用いた水表面張力の高速分子動力学シミュレーション", HPCS2009, 東京, 日本, 2009年01月.
  • 横田 理央，成見 哲，坂牧 隆司，亀岡 駿，小尾 晋之介，泰岡 顕治, "GPU上で高速多重極法を用いた乱流のメッシュフリー解析", 第22回数値流体力学シンポジウム, 東京, 日本, 2008年12月.
  • 亀岡駿，坂牧隆司，成見哲，泰岡顕治, "専用・準汎用計算機による液晶のMD シミュレーション", 第22回分子シミュレーション討論会, 岡山, 日本, 2008年11月.
  • 坂牧隆司，成見哲，泰岡顕治, "GPUを用いた大規模分子動力学シミュレーション", 日本機械学会 第21回計算力学講演会 CMD2008, 沖縄, 日本, 2008年11月.
  • 亀岡 駿，坂牧 隆司，美馬 俊喜，成見 哲，泰岡 顕治, "専用・準汎用計算機を用いた液晶の分子動力学シミュレーション", 第45回日本伝熱シンポジウム, つくば, 日本, 2008年05月.
  • 成見 哲，坂牧 隆司，泰岡 顕治, "CUDAによる高速分子動力学計算", Japan CUDAカンファレンス2008, 東京, 日本, 2008年03月.
  • 成見 哲 ，坂牧 隆司，梅津 亮，小西 史一，泰地 真弘人，泰岡 顕治, "専用・準汎用アクセラレーターとKNOPPIX で楽しむ分子動力学シミュレーション", 並列生物情報処理イニシアティブ第8回シンポジウム, Niseko, Hokkaido, Japan, 2008年02月.
  • 園田英貴，渡辺元太郎，佐藤勝彦，滝脇知也，泰岡顕治，戎崎俊一, "超新星コアにおけるパスタ相の存在量とその影響", 日本物理学会2007年春期大会, 東京, 日本, 2007年03月.
  • 古石貴裕，泰岡顕治，X.C.Zeng，戎崎俊一，藤川茂紀, "水滴に対する表面構造の疎水効果の分子動力学シミュレーション", 日本物理学会2007年春期大会, 鹿児島, 日本, 2007年03月.
  • 安藤史顕，藤谷洋平，泰岡顕治, "縦平均・横平均による巨視的な電場エネルギーの表式の分子動力学的検討", 日本物理学会2007年春期大会, 鹿児島, 日本, 2007年03月.
  • 高橋和義，泰岡顕治，成見哲, "分子動力学シミュレーションにおけるIPS法とCutoff法による動的性質の比較", 第56回理論応用力学講演会, 東京, 日本, 2007年03月.
  • 三好達也，大村亮，泰岡顕治, "分子動力学法によるクラスレート水和物の自由エネルギー計算", 平成18年度北海道大学低温科学研究所共同利用研究集会「氷、水およびクラスレート水和物の物性に関する研究集会」, 札幌, 日本, 2006年12月.
  • 三好達也，大村亮，泰岡顕治, "構造H ハイドレートの自由エネルギー計算", 第20回分子シミュレーション討論会, 仙台, 日本, 2006年11月.
  • 古石貴裕，泰岡顕治，X.C.Zeng，戎崎俊一, "水ドロップレットに対する疎水表面の形状効果", 第20回分子シミュレーション討論会, 仙台, 日本, 2006年11月.
  • 松原裕樹，古石貴裕，泰岡顕治，戎崎俊一, "水蒸気核生成のMD シミュレーション", 第20回分子シミュレーション討論会, 仙台, 日本, 2006年11月.
  • 倉橋健之，安藤嘉倫，佐久間博，泰岡顕治，栗原和枝, "アルコール液体とシリカガラス固体界面におけるクラスター構造", 第20回分子シミュレーション討論会, 仙台, 日本, 2006年11月.
  • 三好達也，大村亮，泰岡 顕治, "構造Hハイドレートの自由エネルギー計算", 熱工学コンファレンス2006, 横浜, 日本, 2006年11月.
  • 倉橋健之，安藤嘉倫，佐久間博，泰岡顕治，栗原和枝, "シリカガラス表面上におけるプロパノールの分子クラスター構造形成に関する分子動力学的研究", 熱工学コンファレンス2006, 横浜, 日本, 2006年11月.
  • 園田英貴，渡邉元太郎，佐藤勝彦，泰岡顕治，戎崎俊一, "超新星コアにおけるパスタ相のニュートリノオパシティ", 日本物理学会2006年秋季大会, 千葉, 日本, 2006年09月.
  • 三好達也，大村亮，泰岡顕治, "構造Hハイドレートの自由エネルギー計算", 第43回日本伝熱シンポジウム, 名古屋, 日本, 2006年05月.
  • 園田英貴，渡辺元太郎，佐藤勝彦，泰岡顕治，戎崎俊一, "QMDによるパスタ相の相図の不定性の研究", 日本物理学会2006年年次大会, 愛媛, 日本, 2006年03月.
  • 安藤嘉倫, 泰岡顕治, "エタノール水溶液気液界面におけるエタノール分子挙動", 第19回分子シミュレーション討論会, 岡崎, 日本, 2005年11月.
  • 安藤嘉倫，倉橋健之，佐久間博，泰岡顕治，栗原和枝, "固液界面に形成されるエタノールマクロクラスターの構造および安定性の評価", 第19回分子シミュレーション討論会, 岡崎, 日本, 2005年11月.
  • 松原裕樹，古石貴裕，泰岡顕治，戎崎俊一, "H2O-H2SO4クラスター生成のMDシミュレーション", 第19回分子シミュレーション討論会, 岡崎, 日本, 2005年11月.
  • 荒牧武志，沖本憲明，泰岡顕治，河村雄行, "タンパク質内部に介在する水分子のポテンシャルモデルの評価と作成", 日本生物物理学会第43回年会, 札幌, 日本, 2005年11月.
  • 安藤嘉倫，倉橋健之，佐久間博，泰岡顕治，栗原和枝, "エタノール／シクロヘキサン溶液とシリカガラス界面におけるエタノールマクロクラスター形成機構の解明", 第18回計算力学講演会, つくば, 日本, 2005年11月.
  • 安藤嘉倫，古谷真寿，泰岡顕治，栗原和枝, "エタノール/シクロヘキサン混合溶液系での エタノール相互拡散係数モル比依存性の分子論的解釈", 第26回日本熱物性シンポジウム, つくば, 日本, 2005年11月.
  • 安藤嘉倫, 古谷真寿, 泰岡顕治, 栗原和枝, "エタノール／シクロヘキサン混合溶液の溶液モル比率依存性およびエタノール拡散係数変化の分子論的解釈", 熱工学コンファレンス2005, 岐阜, 日本, 2005年11月.
  • 岡野大和, 泰岡顕治, "構造Hハイドレートの熱力学的安定性に関する分子動力学シミュレーション", 第42回日本伝熱シンポジウム, 仙台, 日本, 2005年06月.
  • 三好達也，泰岡顕治，池庄司民夫, "分子動力学法による液滴からのクラスター生成機構の解明", 第42回日本伝熱シンポジウム, 仙台, 日本, 2005年06月.
  • 安藤嘉倫，榎本正悟，泰岡顕治, "エタノール／シクロヘキサン二成分溶液構造の分子動力学的研究", 第42回日本伝熱シンポジウム, 仙台, 日本, 2005年06月.
  • 古石貴裕，S. Yoo，泰岡顕治，X. C. Zeng，戎崎俊一, "界面近傍における疎水効果による泡生成のシミュレーション", 日本物理学会第60回年次大会, 野田, 日本, 2005年03月.
  • 安藤嘉倫, 泰岡顕治, "エタノール単分子吸着膜の二次元超臨界挙動と吸着ダイナミクスとの関係", 第18回分子シミュレーション討論会, 京都, 日本, 2004年12月.
  • 安藤嘉倫，榎本正悟，泰岡顕治, "シリカガラス表面上でのエタノールマクロクラスター形成過程の分子動力学シミュレーション", 第18回分子シミュレーション討論会, 京都, 日本, 2004年12月.
  • 岡野大和, 泰岡顕治, "構造Hハイドレートの自由エネルギー計算", 第18回分子シミュレーション討論会, 京都, 日本, 2004年12月.
  • 荒牧武志，沖本憲明，泰岡顕治，河村雄行, "HIV-1 Protease 内部に介在する水分子のポテンシャルモデルの評価", 第18回分子シミュレーション討論会, 京都, 日本, 2004年12月.
  • 古石貴裕，S. Yoo，泰岡顕治，X. C. Zeng，戎崎俊一, "疎水効果による泡生成の分子動力学シミュレーション", 第18回分子シミュレーション討論会, 京都, 日本, 2004年12月.
  • 岡野大和, 泰岡顕治, "構造Hハイドレートの自由エネルギー計算", 第17回計算力学講演会, 仙台, 日本, 2004年11月.
  • 安藤嘉倫, 泰岡顕治, "クラスタ解析法によるエタノール単分子吸着膜の二次元的状態相の特定", 熱工学コンファレンス2004, 仙台, 日本, 2004年11月.
  • 安藤嘉倫, 泰岡顕治, "気液界面に形成されるエタノール単分子吸着膜の二次元的状態相の特定", 第25回日本熱物性シンポジウム, 長野, 日本, 2004年10月.
  • 平井優花，岡野大和，泰岡顕治，金城友之，松本充弘, "会合性液体の気泡核生成の分子動力学シミュレーション", 第25回日本熱物性シンポジウム, 長野, 日本, 2004年10月.
  • 岡野大和，泰岡顕治, "分子動力学シミュレーションによる構造Hハイドレートの自由エネルギー計算", 第25回日本熱物性シンポジウム, 長野, 日本, 2004年10月.
  • 岡野大和, 泰岡顕治, "分子動力学シミュレーションのための構造H ハイドレート結晶構造に関する研究", 第41回日本伝熱シンポジウム, 富山, 日本, 2004年05月.
  • 安藤嘉倫, 泰岡顕治, "単分子吸着膜の二次元的状態相と吸着ダイナミクスとの関係", 第41回日本伝熱シンポジウム, 富山, 日本, 2004年05月.
  • 柿沼雄介，泰岡顕治，池庄司民夫, "液滴断熱膨張によるクラスター生成の分子動力学シミュレーション", 第16回計算力学講演会, 神戸, 日本, 2003年11月.
  • 安藤嘉倫, 泰岡顕治, "分子動力学計算による気液界面近傍での吸着分子ダイナミクスの解明", 第16回計算力学講演会, 神戸, 日本, 2003年11月.
  • 柿沼雄介，泰岡顕治，池庄司民夫, "液滴断熱膨張によるクラスター生成の分子動力学シミュレーション", 熱工学コンファレンス2003, 金沢, 日本, 2003年11月.
  • 古石貴裕，泰岡顕治，戎崎俊一, "大規模分子動力学によるNaClの核生成", 埼玉工業大学若手研究フォーラム、第1回研究フォーラム「21世紀の新しい創造性を支えるハイ・テクノロジー」, 埼玉県岡部町, 日本, 2003年10月.
  • 安藤嘉倫, 泰岡顕治, "分子動力学シミュレーションによる速度支配型吸着モデルの評価", 第24回熱物性シンポジウム, 岡山, 日本, 2003年10月.
  • 古石貴裕，泰岡顕治，X. C. Zeng，戎崎俊一, "水-疎水板系の大規模分子動力学シミュレーション", 日本物理学会2003年秋季大会, 岡山, 日本, 2003年09月.
  • 安藤嘉倫，泰岡顕治, "分子動力学シミュレーションによる非平衡吸着現象混合速度モデルの評価", 第40回日本伝熱シンポジウム, 広島, 日本, 2003年05月.
  • 岡野大和，泰岡顕治, "メタンハイドレート分解過程の分子動力学シミュレーション：システムサイズ・温度依存性に関する研究", 第40回日本伝熱シンポジウム, 広島, 日本, 2003年05月.
  • 安藤嘉倫, 泰岡顕治, "気液界面における界面活性剤分子の吸着現象の評価", 第16回分子シミュレーション討論会, 新潟, 日本, 2002年12月.
  • 安藤嘉倫，山中重樹，末永敦，泰岡顕治，戎崎俊一, "冷却時の氷タンパク質表面における水分子挙動", 第16回分子シミュレーション討論会, 新潟, 日本, 2002年12月.
  • 岡野大和, 泰岡顕治, "メタンハイドレート分解過程のMD シミュレーション", 第16回分子シミュレーション討論会, 新潟, 日本, 2002年12月.
  • 柿沼雄介，泰岡顕治，池庄司民夫, "液滴の断熱膨張によるクラスター生成のシミュレーション", 第16回分子シミュレーション討論会, 新潟, 日本, 2002年12月.
  • 古石貴裕，泰岡顕治，X.C.Zeng，戎崎俊一, "分子動力学専用機MDM を用いた水-疎水壁系の大規模シミュレーション", 第16回分子シミュレーション討論会, 新潟, 日本, 2002年12月.
  • 岡野大和, 泰岡顕治, "メタンハイドレート分解過程の分子動力学シミュレーション", 日本機械学会熱工学講演会, 沖縄, 日本, 2002年11月.
  • 古石貴裕、泰岡顕治、戎崎俊一, "分子動力学によるNaClの核生成", 日本機械学会熱工学講演会, 沖縄, 日本, 2002年11月.
  • 宮崎慶，岡野大和，泰岡顕治, "メタンハイドレート分解・生成過程の分子動力学", 日本応用数理学会年会, 横浜, 日本, 2002年09月.
  • 古石貴裕、泰岡顕治、X. C. Zeng、戎崎俊一, "分子動力学専用計算機MDMを用いた水の大規模シミュレーション", 日本物理学会2002年秋季大会, 東京, 日本, 2002年09月.
  • 柿沼雄介，泰岡顕治, "液滴の断熱膨張によるクラスター生成の分子動力学シミュレーション", 第39回日本伝熱シンポジウム, 札幌, 日本, 2002年06月.
  • 宮崎慶，泰岡顕治, "メタンハイドレート分解・生成過程の分子動力学シミュレーション", 第39回日本伝熱シンポジウム, 札幌, 日本, 2002年06月.
  • 安藤嘉倫, 佐野雄紀, 末永敦, 泰岡顕治, 戎崎俊一, "氷タンパク質上の氷核生成時における水分子挙動", 第39回日本伝熱シンポジウム, 札幌, 日本, 2002年06月.
  • 安藤嘉倫, 佐野雄紀, 末永敦, 泰岡顕治, 戎崎俊一, "氷核活性細菌による氷核生成の分子動力学シミュレーション", 第15回分子シミュレーション討論会, 東京, 日本, 2001年12月.
  • 古石貴裕, 泰岡顕治, 成見哲, 薄田竜太郎, 古沢秀明, 戎崎俊一, "NaCl-KCl混合系における結晶成長の分子動力学シミュレーション", 第15回分子シミュレーション討論会, 東京, 日本, 2001年12月.
  • 二木紀行，沖本憲明，成見哲，薄田竜太郎，古石貴裕，古沢秀明，川井敦，小長谷明彦，戎崎俊一，泰岡顕治，末永敦, "分子動力学専用計算機(MDM)を使用した大規模生体高分子シミュレーション", 第15回分子シミュレーション討論会, 東京, 日本, 2001年12月.
  • 金城友之，泰岡顕治, "部分電荷の分散性が溶融塩の物性に及ぼす影響について", 第15回分子シミュレーション討論会, 東京, 日本, 2001年12月.
  • 安藤嘉倫, 末永敦, 泰岡顕治, 戎崎俊一, "氷核活性細菌により促進される氷核生成の分子動力学シミュレーション", 第38回日本伝熱シンポジウム, さいたま, 日本, 2001年05月.
  • 古石貴裕, 泰岡顕治, 成見哲, 薄田竜太郎, 古沢秀明, 戎崎俊一, "NaCl-KCl混合系の結晶成長のシミュレーションII", 日本物理学会第56回年会, 東京, 日本, 2001年03月.
  • 安藤嘉倫, 末永敦, 泰岡顕治, 戎崎俊一, "氷核活性細菌による氷核生成の分子動力学シミュレーション", 第14回分子シミュレーション討論会, 名古屋, 日本, 2001年01月.
  • 林大貴，成見哲， 泰岡顕治，戎崎俊一, "分子動力学専用計算機MDGRAPE-2のEwald法への拡張", 第14回分子シミュレーション討論会, 名古屋, 日本, 2001年01月.
  • 古石貴裕, 泰岡顕治, 成見哲, 薄田竜太郎, 古沢秀明, 戎崎俊一, "NaClの液体-固体相転移の分子動力学シミュレーション", 第14回分子シミュレーション討論会, 名古屋, 日本, 2001年01月.
  • Ann V.V. Tran，古石貴裕，大口晃司，泰岡顕治，成見哲， 薄田竜太郎，古沢秀明，戎崎俊一, "Molecular Dynamics Simulation for Water-AgI with a Special Purpose Computer", 第14回分子シミュレーション討論会, 名古屋, 日本, 2001年01月.
  • 二木紀行，沖本憲明，末永敦，成見哲，川井敦，泰岡顕治，戎崎俊一, "分子動力学専用計算機へのAMBERプログラムの移植開発および実用化に向けた性能評価", 第14回分子シミュレーション討論会, 名古屋, 日本, 2001年01月.
  • 成見哲， 薄田竜太郎，古沢秀明，川井敦，古石貴裕，泰岡顕治，戎崎俊一, "分子動力学シミュレーション専用計算機MDM", 第14回分子シミュレーション討論会, 名古屋, 日本, 2001年01月.
  • 古石貴裕, 泰岡顕治, 成見哲, 薄田竜太郎, 古沢秀明, 戎崎俊一, "NaCl-KCl混合系の結晶成長のシミュレーション", 日本物理学会第55回年会, 新潟, 日本, 2000年09月.
  • 薄田竜太郎，戎崎俊一，加藤健矢，小林芳直，成見哲，古沢秀明，泰岡顕治，B.G.Elmegreen, G.D.McNiven, "分子動力学専用計算機MDM", 第13回分子シミュレーション討論会, 京都, 日本, 1999年12月.

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