Yasuoka Laboratory

【3年生の皆様へ】

泰岡研究室はいつでも見学を歓迎しております。気軽に学生居室(25棟319室)までお越しください!

既に訪問したい時間帯が決まっている方は こちらのフォーム(要keio.jp認証)からアポイントメントを取ることも可能です。




学会情報


セミナー情報

2017/10/30(Mon) 10:00 - 11:30
Dr. Ian S. Osborne 氏
2017/06/20(Thu) 18:15 - 19:45
赤阪 清隆 氏,竹内 春久 氏


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ニュース

更新日: 2024年12月06日
  • 小島君,榊君(M1),岸本君(M2),栗林君(D1)が水・蒸気性質シンポジウム2024(東京)に参加し研究成果を発表しました.岸本君(M2)が最優秀賞を受賞しました. (2024/10/22)
  • 安田君(D2),卒業生の遠藤君,泰岡教授,荒井准教授との共同研究の結果がCommunications Chemistryに掲載され,その内容が本塾のプレスリリースにて公開されました.また,テックプラスにも掲載されました. (2024/6/24)
  • 榊君(M1),安田君(D2),泰岡教授が18th International Conference on the Properties of Water and Steam(Boulder, USA)に参加し,研究成果を発表しました. (2024/6/23-6/28)
  • 榊君(M1),安田君(D2),泰岡教授がColorado School of Mines, USAのAmadeu K. Sum教授を訪問しました. (2024/6/21)
  • 小林君,矢野君(M1),栗林君(D1)が第50回生体分子科学討論会(東京)に参加し,研究成果を発表しました. (2024/6/21)
  • 岸本君(M1)が日本水・蒸気性質協会全体会議(東京)に参加し,講演を行いました. (2024/5/28)
  • 栗林君(D1)が68th Biophysical Society Annual Meeting(Philadelphia, USA)に参加し,研究成果を発表しました. (2024/2/10-2/14)
  • 平野特任准教授と東京慈恵会医科大学,理化学研究所,京都大学,明治薬科大学との共同研究の結果がCell Death Discoveryに掲載され,その内容が本塾のプレスリリースにて公開されました. (2023/12/22)
  • 岸本君,石岡君(M1),石合君,栗林君,菖蒲君(M2),平野特任准教授が第37回分子シミュレーション討論会(福井)に参加し研究成果を発表しました.岸本君(M1)が学生優秀発表賞を受賞しました. (2023/12/4-12/6)
  • 岸本君(M1),石合君,栗林君(M2)が水・蒸気性質シンポジウム2023(東京)に参加し研究成果を発表しました.岸本君(M1)が優秀賞を受賞しました. (2023/11/29)

研究室活動

更新日: 2024年11月16日
  • 村松研と合同で秋合宿を行いました. (2024/11/9-11/10)
  • 村松研と合同で春合宿を行いました. (2024/5/25-5/26)
  • キックオフミーティングを行いました. (2024/4/5)
  • 多摩川土手で花見を行いました. (2024/3/30)
  • 研究室一同で集合写真を撮りました. (2023/10/19)
  • 村松研と合同で秋合宿を行いました. (2023/10/28-10/29)
  • 村松研と合同で春合宿を行いました. (2023/6/10-6/11)
  • キックオフミーティングを行いました. (2023/4/5)
  • 多摩川土手で花見を行いました. (2023/4/2)
  • キックオフミーティングを行いました. (2022/4/5)

論文掲載情報(最新10編)

更新日: 2024年05月30日

Yasuda, I., Endo, K., Arai, N. and Yasuoka, K., "In-layer inhomogeneity of molecular dynamics in quasi-liquid layers of ice", Communications Chemistry, 7, 117(2024). (11 pages) DOI: 10.1038/s42004-024-01197-0

Kowaguchi, A., Brumby, P. E. and Yasuoka, K., "Hysteresis Elimination for an Anisotropic Liquid-Crystal Model via Molecule Design and Replica-Exchange Optimization", Journal of Chemical Information and Modeling, (14 pages) DOI: 10.1021/acs.jcim.4c00078

Ishiai, S., Endo, K., Brumby, P. E., Sum, A. K. and Yasuoka, K., "Novel approach for designing order parameters of clathrate hydrate structures by graph neural network", The Journal of Chemical Physics, 160, 064504(2024). (11 pages) DOI: 10.1063/5.0177815

Ishiai, S., Yasuda, I., Endo, K. and Yasuoka, K., "Graph-Neural-Network-Based Unsupervised Learning of the Temporal Similarity of Structural Features Observed in Molecular Dynamics Simulations", Journal of Chemical Theory and Computation, 20, 819-831(2024). (13 pages) DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00995

Furutani, Y., Hirano, Y., Toguchi, M., Higuchi, S., Qin, X.-Y., Yanaka, K., Sato-Shiozaki, Y., Takahashi, N., Sakai, M., Kongpracha, P., Suzuki, T., Dohmae, N., Kukimoto-Niino, M., Shirouzu, M., Nagamori, S., Suzuki, H., Kobayashi, K., Masaki, T., Koyama, H., Sekiba, K., Otsuka, M., Koike, K., Kohara, M., Kojima, S., Kakeya, H. and Matsuura, T., "A small molecule iCDM-34 identified by in silico screening suppresses HBV DNA through activation of aryl hydrocarbon receptor", Cell Death Discovery, 9, 467(2023). (13 pages) DOI: 10.1038/s41420-023-01755-w

Mustali, J., Yasuda, I., Hirano, Y., Yasuoka, K., Gautieri, A. and Arai, N., "Unsupervised deep learning for molecular dynamics simulations: a novel analysis of protein–ligand interactions in SARS-CoV-2 Mpro", RSC Advances, 13, 34249-34261(2023). (13 pages) DOI: 10.1039/D3RA06375E

太刀野雄介,土居英男,奥脇弘次,平野秀典,望月祐志, "タンパク質に関するFMO-DPDシミュレーション用パラメータ算定と試行", Journal of Computer Chemistry, Japan, in press.

Miwa, K., Guo, Y., Hata, M., Hirano, Y., Yamamoto, N. and Hoshino, T., "In Silico Identification of Inhibitory Compounds for SARS-CoV-2 Papain-Like Protease", Chemical and Pharmaceutical Bulletin, in press.

Pan, Y., Suzuki, T., Sakai, K., Hirano, Y., Ikeda, H., Hattori, A., Dohmae, N., Nishio, K. and Kakeya, H., "Bisabosqual A: A novel asparagine synthetase inhibitor suppressing the proliferation and migration of human non-small cell lung cancer A549 cells", European Journal of Pharmacology, 960, 176156(2023). (12 pages) DOI: 10.1016/j.ejphar.2023.176156

Sakai, S., Hirano, Y., Kobayashi, Y. and Arai, N., "Effect of temperature on the structure and drug-release behaviour of inclusion complex of β-cyclodextrin with cyclophosphamide: a molecular dynamics study", Soft Matter, 19, 2902-2907(2023). (6 pages) DOI: 10.1039/D2SM01542K


発表論文一覧


更新情報
2024/11/16
ニュース,学会情報および研究室活動を更新しました.
2024/08/12
ニュースおよび学会情報を更新しました.
2024/05/30
論文掲載情報を更新しました.
2024/05/28
ニュース,学会情報および研究室活動を更新しました.
2024/02/14
論文掲載情報を更新しました.
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