Yasuoka Laboratory



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2017/10/30(Mon) 10:00 - 11:30
Dr. Ian S. Osborne 氏
2017/06/20(Thu) 18:15 - 19:45
赤阪 清隆 氏,竹内 春久 氏



更新日: 2024年01月09日
  • 平野特任准教授と東京慈恵会医科大学,理化学研究所,京都大学,明治薬科大学との共同研究の結果がCell Death Discoveryに掲載され,その内容が本塾のプレスリリースにて公開されました. (2023/12/22)
  • 岸本君,石岡君(M1),石合君,栗林君,菖蒲君(M2),平野特任准教授が第37回分子シミュレーション討論会(福井)に参加し研究成果を発表しました.岸本君(M1)が学生優秀発表賞を受賞しました. (2023/12/4-12/6)
  • 岸本君(M1),石合君,栗林君(M2)が水・蒸気性質シンポジウム2023(東京)に参加し研究成果を発表しました.岸本君(M1)が優秀賞を受賞しました. (2023/11/29)
  • 平野特任准教授と京都大学および理化学研究所との共同研究の結果がEuropean Journal of Pharmacologyに掲載され,その内容が本塾のプレスリリースにて公開されました. (2023/11/10)
  • 岸本君,石岡君(M1),石合君,菖蒲君(M2)がThe 6th International Conference on Molecular Simulation(Taipei, Taiwan)に参加し研究成果を発表しました. (2023/10/6-10/9)
  • 安田君(D1)が9th International Tribology Conference(Fukuoka, Japan)に参加し研究成果を発表しました. (2023/9/25-9/30)
  • 栗林君(M2)が日本流体力学会年会2023(東京)に参加し研究成果を発表しました. (2023/9/20-9/22)
  • 石合君(M2),安田君(D1)が15th International Conference on the Physics and Chemistry of Ice(Sapporo, Japan)に参加し研究成果を発表しました. (2023/9/3-9/8)
  • 安田君(D1)がInternational Conference on Biological Physics(Seoul, Korea)に参加し研究成果を発表しました. (2023/8/14-8/18)
  • 岸本君(M1),石合君,菖蒲君(M2),安田君(D1)が34th IUPAP Conference on Computational Physics(Kobe, Japan)に参加し研究成果を発表しました.安田君(D1)がEuropean Physics Society Poster Prizeを受賞しました. (2023/8/4-8/8)


更新日: 2024年02月16日
  • 研究室一同で集合写真を撮りました. (2023/10/19)
  • 村松研と合同で秋合宿を行いました. (2023/10/28-10/29)
  • 村松研と合同で春合宿を行いました. (2023/6/10-6/11)
  • キックオフミーティングを行いました. (2023/4/5)
  • 多摩川土手で花見を行いました. (2023/4/2)
  • キックオフミーティングを行いました. (2022/4/5)
  • 村松研とPeng研と合同で秋合宿を行いました. (2022/10/21-10/23)
  • OBOG会を開催しました. (2022/9/21)
  • 村松研と合同で春合宿を行いました. (2020/5/21)
  • キックオフミーティングを行いました. (2020/4/16)


更新日: 2024年02月14日

Ishiai, S., Endo, K., Brumby, P. E., Sum, A. K. and Yasuoka, K., "Novel approach for designing order parameters of clathrate hydrate structures by graph neural network", The Journal of Chemical Physics, 160, 064504(2024). (11 pages) DOI: 10.1063/5.0177815

Ishiai, S., Yasuda, I., Endo, K. and Yasuoka, K., "Graph-Neural-Network-Based Unsupervised Learning of the Temporal Similarity of Structural Features Observed in Molecular Dynamics Simulations", Journal of Chemical Theory and Computation, 20, 819-831(2024). (13 pages) DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00995

Furutani, Y., Hirano, Y., Toguchi, M., Higuchi, S., Qin, X.-Y., Yanaka, K., Sato-Shiozaki, Y., Takahashi, N., Sakai, M., Kongpracha, P., Suzuki, T., Dohmae, N., Kukimoto-Niino, M., Shirouzu, M., Nagamori, S., Suzuki, H., Kobayashi, K., Masaki, T., Koyama, H., Sekiba, K., Otsuka, M., Koike, K., Kohara, M., Kojima, S., Kakeya, H. and Matsuura, T., "A small molecule iCDM-34 identified by in silico screening suppresses HBV DNA through activation of aryl hydrocarbon receptor", Cell Death Discovery, 9, 467(2023). (13 pages) DOI: 10.1038/s41420-023-01755-w

Mustali, J., Yasuda, I., Hirano, Y., Yasuoka, K., Gautieri, A. and Arai, N., "Unsupervised deep learning for molecular dynamics simulations: a novel analysis of protein–ligand interactions in SARS-CoV-2 Mpro", RSC Advances, 13, 34249-34261(2023). (13 pages) DOI: 10.1039/D3RA06375E

太刀野雄介,土居英男,奥脇弘次,平野秀典,望月祐志, "タンパク質に関するFMO-DPDシミュレーション用パラメータ算定と試行", Journal of Computer Chemistry, Japan, in press.

Miwa, K., Guo, Y., Hata, M., Hirano, Y., Yamamoto, N. and Hoshino, T., "In Silico Identification of Inhibitory Compounds for SARS-CoV-2 Papain-Like Protease", Chemical and Pharmaceutical Bulletin, in press.

Pan, Y., Suzuki, T., Sakai, K., Hirano, Y., Ikeda, H., Hattori, A., Dohmae, N., Nishio, K. and Kakeya, H., "Bisabosqual A: A novel asparagine synthetase inhibitor suppressing the proliferation and migration of human non-small cell lung cancer A549 cells", European Journal of Pharmacology, 960, 176156(2023). (12 pages) DOI: 10.1016/j.ejphar.2023.176156

Sakai, S., Hirano, Y., Kobayashi, Y. and Arai, N., "Effect of temperature on the structure and drug-release behaviour of inclusion complex of β-cyclodextrin with cyclophosphamide: a molecular dynamics study", Soft Matter, 19, 2902-2907(2023). (6 pages) DOI: 10.1039/D2SM01542K

Brumby, P. E., Kowaguchi, A., Nozawa T., Yasuoka, K. and Wensink, H., "Pre-Smectic Ordering and the Unwinding Helix in Monte Carlo Simulations of Cholesteric Liquid-Crystals.", The Journal of Physical Chemistry B, 127, 7103-7206(2023). (11 pages) DOI: 10.1021/acs.jpcb.3c02018

Ishiai, S., Endo, K. and Yasuoka, K., "Graph neural networks classify molecular geometry and design novel order parameters of crystal and liquid", The Journal of Chemical Physics, 159, 064103(2023). (16 pages) DOI: 10.1063/5.0156203



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